清水祖师运签来自台南县后壁乡安溪寮福安寺，主祀清水祖师，其运签以【台、南、府、嘉、义、县、下、加、冬、保、安、溪、寮、庄、清、水、祖、师、灵、感、签、诗、利、人、方、便、凡、我、本、境、弟、子、及、远、近、善、男、信、女、问、筮、吉、凶、恳、求、祸、福、宜、洁、净、诚、心、许、胸、焚、香、礼、拜、抽、出、一、枝、再、请、金、杯、为、准、未、卜、先、知、明、断、有、应。】七十六字组成；除了最后一首，前七十五签都配上一名古人或神仙来表示该签之运程，非常独特。
清水祖师运签抽签前要专心一致，秉除杂念，先双手合手默念，清水祖师，指点迷津。再默念自己姓名，出生年月日，居住地址和请求指点的问题，如婚姻、事业、流年、财运等等。
接着心里默想从一到七十六其中的一个数字，然后掷杯，连续三个圣杯可得此灵签，否则需要重新抽签。切忌，一样的问题不可重复询问，要不签会不准的。
清水祖师一生募捐，修造几十座桥梁，对民众生活、行动帮助极大，自然得到民众的感佩。清水祖师以其高超之医术，在瘴疠之气盛行的闽南一带，救治了不少患病的民众，而患者无不感激、爱戴。一般人认为，普通人不能掌握自然现象，如下雨与否，唯有神圣，方能成之。但清水祖师在世时，就已经屡次祈祷成功，让苍天降下甘霖，被认为有功于解决多次的旱灾。也因为求雨屡次的成功，被视为神迹，清水祖师也被赋予相当的神秘色彩。自宋至清，获历朝皇帝四次敕封祭典。英名远播，四海人民皆敬奉，倍受人间崇拜。